Die Xylothek (Holzartenkollektion) der Holzforschung besteht aus einer wissenschaftlich genutzten und einer historischen Sammlung. Die wissenschaftliche Sammlung umfasst Proben von über 10.000 Holzmustern und 22.000 Dünnschnittpräparaten von mehr als 5.000 Gehölzarten. Die Muster sind nach ihrer botanischen Familie geordnet und werden über eine Datenbank verwaltet. Die Sammlung wird in der Forschung und Lehre eingesetzt und liefert unverzichtbare Vergleichsmöglichkeiten bei der Bestimmung von unbekannten Holzarten, insbesondere bei Überprüfungen zur Umsetzung des Holzartensicherungsgesetzes.

Die historische Sammlung umfasst zwei mit 145 bzw. 117 Exponaten sehr gut belegte Kollektionen von dem Ebersberger Geistlichen Candid Huber. Dieser hatte in seiner Werkstatt Ende des 18. Jhd.  Holztafeln und andere Pflanzenteile von zahlreichen holzigen Pflanzen in Buchform zusammengestellt. Zudem ist die überhaupt erste, von Bellermann seriell gefertigte historische Holzsammlung mit 67 von ursprünglich 72 Buchblöcken in der HFM Xylothek vorhanden. Als weitere Rarität enthält die Sammlung eine Ausgabe der vom Forstmann Nördlinger um 1850 gefertigten Dünnschnittsammlung mit insgesamt 900 Arten.

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