Center of Advanced Light Microscopy

CALM bietet eine zentrale Datenspeichermöglichkeit auf Basis des open-source Bild-Datenbanksystems OMERO an. OMERO ist ein Produkt von "Open Microscopy Environment (OME)", einem Konsortium aus Universitäten, Forschungslabors, Industrie und Entwicklern, die Open-Source-Software und Formatstandards für Mikroskopiedaten entwickeln (www.openmicroscopy.org). Der Server des CALM wird von der Life Sciences IT (LSIT) betrieben.

Die Datenbank kann über das Web (mit eduVPN) oder die OMERO Client-Software (OMERO.insight) erreicht werden (Serveradresse: omero.wzw.tum.de). Verwenden Sie bitte zur Zeit noch OMERO.insight 5.5.19 (Windows, Mac, Linux).

Webzugang: CALM Omero Server

CALM Nutzer finden Handbücher und Technotes für die CALM Mikroskope im BayernCollab-Wiki (login mit TUM Benutzername und Password): CALM Manuals

Vorbemerkung / Präambel

Das Center for Advanced Light Microscopy (CALM) ist eine Einrichtung der TUM an der TUM School of Life Sciences. Sie soll den Bedarf an modernen Mikroskopiertechniken der örtlichen, Forschungsgruppen decken. Andere TUM-Arbeitsgruppen und externe Forschungsgruppen können die Einrichtung nach Absprache ebenfalls nutzen.

Nach einer Registrierung und technischer Einweisung durch das CALM, können die Nutzer verschiedene Mikroskope des CALM und der assoziierten Gruppen an der TUM School of Life Sciences nutzen.

Die Benutzungsordnung kann durch den Vorstand des CALM in Einvernehmen mit der Fachkommission geändert werden.

Mitglieder der Fachkommission

• Prof. Dr. K. Schneitz (Koordinator der CALM Initiative)
• Dr. Klaus Michel (Head of CALM)
• Prof. Dr. C. Schwechheimer
• Prof. Dr. R. Hückelhoven
• Prof. Dr. H. Luksch

CALM Angehörige

• Dr. Klaus Michel, Klaus.michel(at)tum.de
• Katrin Wassmer (TA, Teilzeit), katrin.wassmer(at)tum.de
• Susanna Fink (Sekretariat, Teilzeit), sekretariat.calm(at)ls.tum.de

CALM-assoziierte Mikroskope werden durch die jeweiligen Gruppen/Lehrstühle beaufsichtigt.

CALM Webseite

Weitere Informationen wie z.B. Kontaktmöglichkeiten, vorhandene Geräte und das online-Buchungssystem sind auf der Webseite des CALM zu finden: CALM.

Die CALM Webseite, Bedienungsanletungen etc. werden gelegentlich überarbeitet und verbessert. Von den Benutzern wird erwartet, sich selbstständig darüber zu informieren.

Zugang und Buchungsregeln

Während der Buchungszeit, sind die Benutzer vollständig für die Geräte verantwortlich.
Die Benutzer bekommen Einweisungen für jedes einzelne CALM Mikroskop. Sie bestätigen den Erhalt der Einweisung mit einer Unterschrift. Damit sind die Benutzer registriert und können eigenverantwortlich mit den jeweiligen Mikroskopen arbeiten.Mit der Einweisung und Registrierung erhalten die Benutzer Informationen zur Buchung und Passwörter für die Mikroskope. Die Buchung wird durch ein online-Buchungssystem organisiert: (CALM-booking).
Die Mikroskope können nur durch registrierte und Benutzer mit Einweisung betrieben werden. Benutzung und / oder Buchung durch dritte Personen ist nicht gestattet.
Ein nicht-registrierter Benutzer kann unter ständiger Aufsicht eines registrierten Benutzers an den Geräten arbeiten. Der registrierte Benutzer ist während dieser Zeit für das Gerät verantwortlich.Die Geräte können bis zu 21 Tage im Voraus gebucht werden.
Die Geräte können während der Arbeitszeiten (9:00 bis 17:00) für maximal vier Stunden pro Tag und Benutzer gebucht werden.
Längere Buchungsdauern müssen mit Mitarbeitern des CALM abgesprochen werden. Abends bzw. nachts gilt keine Beschränkung der Buchungszeiten.Am Campus existieren noch weitere Konfokale laser-scanning Mikroskope (“CALM Assoziierte“ Mikroskope). Die Buchung der CALM assoziierten Mikroskope erfordert Vereinbarungen mit den jeweiligen Lehrstühlen bzw. Forschungsgruppen.

Benutzungsgebühren

Den Nutzern wird eine stündliche Gebühr in Rechnung gestellt. Die Gebühren decken die Kosten für Wartung, Reparaturen und Upgrades für die Nutzer im Verhältnis zu ihren Nutzungsstunden.
CALM berechnet 10€ pro Stunde für Konfokalsysteme. Jährliche Gebühren übersteigen nicht 1500€ pro Lehrstuhl bzw. Professur. Gruppen der TUM außerhalb der TUM School of Life Sciences zahlen 20€ und externe Forschergruppen 30€ pro Stunde.Nicht-Stornierung oder Stornierungen weniger als 24 Stunden im Voraus werden als normale Buchungen berechnet.

Verantwortung und Versicherung

Die Nutzer sind für das Mikroskop und das Material während Buchung verantwortlich. Bei unsachgemäßer Bedienung muss er/sie oder der jeweilige Gruppenleiter für den Schaden aufkommen, da es KEINE CALM-Versicherung für die Ausrüstung gibt!Wenn kein CALM-Personal oder verantwortliches Personal (assoziierte Mikroskope) anwesend ist, muss jeder Nutzer sicherstellen, dass er im Falle eines Unfalls nicht allein ist und Hilfe rufen kann. Dies gilt insbesondere für Arbeiten außerhalb der Arbeitszeiten (17.00 - 9.00 Uhr).

Vorsichtsmaßnahmen und Regeln für den Betrieb der Mikroskope

1. Ein-/Ausschalten der Laser

• Schalten Sie alle Laser ein, die Sie bei der Erstinbetriebnahme benötigen (aber nur diese).
• Wenn Sie ein System ein- oder ausschalten, beachten Sie bitte die (aktualisierten) Anweisungen auf der Webseite. Beziehen Sie sich immer auf diese Anleitungen, da sie neue Informationen enthalten können.
• Da das Aus- und Einschalten von Lasern und Lampen in kurzen Abständen deren Lebensdauer drastisch verkürzt, gilt die 2-Stunden-Regel!
• Laser und Fluoreszenzlampen müssen eingeschaltet bleiben (STANDBY-Modus), wenn das Zeitintervall zwischen zwei Slots 2 Stunden oder weniger beträgt (Laser, die innerhalb der nächsten 2 Stunden nicht benutzt werden, sollten ausgeschaltet werden).
• Um sicherzustellen, dass die Systeme ordnungsgemäß abgeschaltet werden, müssen Sie den aktuellen Buchungsstatus des Instruments am Ende Ihres Zeitfensters im Online-Buchungssystem überprüfen (der Benutzer nach Ihnen könnte seine Buchung in letzter Minute gelöscht haben).
• Wenn Sie Ihre Buchung kurzfristig stornieren, d. h. während des Tages Ihrer Buchung, sollten Sie sich darüber im Klaren sein, dass das System für Sie eingeschaltet bleiben könnte. DIE BENUTZER sind dafür verantwortlich, das System ordnungsgemäß auszuschalten, um zu vermeiden, dass es über längere Zeiträume eingeschaltet bleibt, ohne benutzt zu werden! SIE SIND AUCH VERANTWORTLICH für das ordnungsgemäße Ausschalten des Systems bzw. für die Übergabe an den nächsten Kollegen, wenn Sie früher aufhören!
• Wenn ein System kurz vor der geplanten Nutzung ausgeschaltet wurde (Sie sehen das im Belegungsplan), geben Sie den Lasern und Lampen mindestens 30 Minuten Zeit, um abzukühlen, bevor Sie sie wieder einschalten.

2. Quecksilberdampflampen

Wenn Sie eine Quecksilberdampflampe einschalten, muss sie mindestens 30min angeschaltet bleiben.
Wenn nicht anders angegeben (z.B. Olympus FV3000), muss die Lampe mindestens 30min ausgeschaltet sein, bevor sie wieder angeschaltet werden darf. Nach erreichen der maximalen Betriebsdauer schalten sie die Lampe nicht ein, da das Leuchtmittel gewechselt werden muss.

Ausgeschaltete Quecksilberlampen bleiben noch einige Zeit sehr heiß. Vermeiden sie einen Kontakt zwischen der Mikroskophülle und dem Lampengehäuse.

3. Objektive

Bitte behandeln Sie die Objektive mit der größten Sorgfalt (sie bestimmen maßgeblich die Bildqualität und den Preis der Mikroskope). Der Objektivtyp (Luft, Wasser, Öl, Silikonöl, Immersions- oder „dipping-“ Objektiv, Vergrößerung) .ist auf dem Objektivgehäuse und in der Software ersichtlich. Vor Bewegungen des xy-Tisches zum Zentrieren oder Kalibrieren sowie beim Ein- und Ausschalten des Mikroskops, müssen Objektivrevolver und Tisch immer maximal auseinandergefahren werden.

Zum Abschluss schwenken sie immer das Objektiv mit der niedrigsten Vergrößerung (meist 10x) ein. Benutzen Sie diese Stellung auch wenn sie den Objektträger tauschen. Achten Sie besonders darauf, die Objektive nicht zu berühren.

Fokussieren Sie vorsichtig und vermeiden Sie direkten Kontakt zwischen Objektträger / Deckglas und Objektiv (prüfen Sie ob sich das Objektiv noch in einer sicheren Position befindet).

Öl-Objektive müssen mit dem bereitgestellten Reinigungspapier gereinigt werden. Reiben Sie nicht zuviel und nicht mit „Kimwipes“. Bei Invers-Mikroskopen reinigen Sie auch das Objektivgehäuse um ein Herablaufen des Immersionsöls zu verhindern.

Benutzen Sie nur das von CALM bereitgestellte Immersionsöl. Reinigen Sie Deckgläser bevor Sie damit an ein Mikroskop mit anderem Öl gehen. Eine Mischung von Ölen verschiedener Hersteller oder mit Wasser oder Medium kann Objektive beschädigen (überprüfen Sie selbstgebaute Kammern für live cell imaging auf Beschädigungen!).

Luft / Wasserobjektive dürfen nicht in Kontakt mit Öl kommen! In einem solchen Fall informieren Sie bitte einen CALM Mitarbeiter.

Es können zusätzliche Objektive vorhanden sein (siehe auch VIII CALM Mikroskope).

4. HANDHABUNG DER GERÄTE

• Die verschiedenen Mikroskope befinden sich alle in S1-Einrichtungen. Daher gelten die entsprechenden Gesetze und Vorschriften, und es darf in diesen Räumen nur mit S1-Material gearbeitet werden. Die Benutzer müssen eine Genehmigung für die Arbeit unter S1-Bedingungen einholen und sich an die bekannten S1-Bestimmungen halten (wie in der jährlichen S1-Einweisung bekannt gegeben). Benutzer, die diese Anweisungen nicht befolgen, werden von der Benutzung des Mikroskops ausgeschlossen.
• Bitte halten Sie die CALM-Räume sauber, reinigen Sie verschüttete Flüssigkeiten mit Ethanol und entfernen Sie persönliches Material, bevor Sie die Räume verlassen.
• Der Zugang zu den CALM-Einrichtungen erfolgt über Zahlenschlösser an den Türen. Die Nutzer erhalten den Code bei der Einweisung.
• Bitte schließen Sie die Türen ab, wenn Sie die Einrichtung als Letzter verlassen.
• Sollten die Anlagen in einem defekten Zustand angetroffen werden, informieren Sie bitte sofort das Personal, BEVOR Sie die Anlage benutzen.
• Es ist strengstens untersagt, CALM-Material (Objektive, Immersionsöl usw.) aus einem Mikroskopraum zu entfernen oder Material zwischen Räumen zu bewegen. Benutzer, die diese Anweisungen nicht befolgen, können von der Benutzung des Mikroskops ausgeschlossen werden.

5. LOGBOOK

Jedes Mikroskop ist mit einem Logbuch ausgestattet. Der Benutzer ist verpflichtet, sich einzutragen und Datum und Uhrzeit (Beginn und Ende der Sitzung) sowie die Verwendung des Lasers und/oder der Quecksilberlampe und die verwendeten Objektive festzuhalten.

Der Benutzer muss bestätigen, dass er die Objektive am Ende der Sitzung gereinigt hat. Benutzern, die sich nicht an diese Vorschriften halten, wird der weitere Zugang zum Mikroskop verweigert.

6. Datenspeicherung und Veröffentlichung

Nach der Bildaufnahme müssen die Daten auf den von der Life Sciences IT (LSIT) betriebenen Netzspeicher der Arbeitsgruppe des Nutzers hochgeladen werden. Die LSIT stellt einen Zwischenspeicher zur Verfügung, von dem die Daten auf den eigenen Rechner übertragen werden können („Forecourt“). Alternativ besteht die Möglichkeit, eine OMERO-Datenbank auf dem CALM-Server im LSIT zu nutzen. Die Verwendung von USB-Sticks zur Datenübertragung ist, sofern nicht anders von CALM angewiesen, untersagt! Die CALM-Einrichtung kann keine Haftung für die auf dem CALM-Computer gespeicherten Daten übernehmen. Die auf einem CALM-Computer gespeicherten Daten können ohne Vorwarnung gelöscht werden.

Bilder und Daten, die mit CALM-Mikroskopen erzeugt wurden, können Teil von Publikationen, Doktorarbeiten oder anderen Arten von Veröffentlichungen werden. In diesem Fall muss die Nutzung der CALM-Einrichtung in der entsprechenden Veröffentlichung erwähnt werden, und es muss ein kurzer Vermerk an den Leiter des CALM geschickt werden.

7. Warnungen und Informationen

Wir kontrollieren den ordnungsgemäßen Umgang mit den Instrumenten und protokollieren Verstöße gegen die Richtlinien (Sie werden informiert, wenn Sie einen Eintrag erhalten).

Bitte beachten Sie die folgenden Bedingungen:

• Wenn ein Nutzer kurzfristig auf die Nutzung seiner Buchung für ein Mikroskop verzichtet und ein anderer Nutzer einspringt, muss der zweite Nutzer dies in der Buchungsliste angeben. Fehlt die Buchung auf seinen Namen, erhält er eine erste Verwarnung. Beim zweiten Vorfall kann die weitere Nutzung der CALM-Einrichtung untersagt werden.
• Ein Nutzer erhält einen Eintrag, wenn er das System nicht ordnungsgemäß herunterfährt - entweder weil er vergessen hat, das System nach seiner Buchung auszuschalten oder bei spontaner Absage seines Zeitfensters, ohne zu kontrollieren, ob der vorherige Nutzer das System heruntergefahren hat. In jedem Fall wird der Zeitraum als gebuchte Zeit gewertet.
• Informationen über Änderungen an den CALM-Systemen (Aktualisierungen, neue Geräte, aktueller Status der Systeme, bevorstehende Veranstaltungen) werden auf der CALM-Webseite veröffentlicht. Sie können auch am Mikroskop selbst veröffentlicht werden. Die Nutzer sind selbst dafür verantwortlich, sich über alle Änderungen an den Mikroskopen und Vorschriften zu informieren.

Eingewiesene Nutzer des CALM können die Geräte über den folgenden link reservieren:

CALM-Buchung.

Das CALM bietet folgende Lehrveranstaltungen an:

• Konfokale Laser Scanning Mikroskopie - Theorie und Funktion (WZ0004)
• Fluoreszenz Lifetime Imaging - Theorie und Funktion (WZ0005)

Beide Veranstaltungen werden als Blockveranstaltungen angeboten. In einem theoretischen Teil werden die Grundlagen vermittelt, darauf folgt ein praktischer Teil in dem die Studierenden an den Mikroskopen des CALM arbeiten können. Nähere Informationen sind in TUMonline zu finden.

2024

Vijayan, A., Mody, TA., Yu, Q., Wolny, A., Cerrone, L., Strauss, S., Tsiantis, M., Smith, R.S., Hamprecht, FA., Kreshuk, A. and Schneitz, K. (2024) “A deep learning-based toolkit for 3D nuclei segmentation and quantitative analysis in cellular and tissue context”. Development in press.

Yu, Y., Zhu, R., Xu, H., Enugutti, B., Schneitz, K., Wang, X. and Li, J. (2024) “Twin embryos in Arabidopsis thaliana KATANIN1 mutants. Plants 13:1824.

Mody, TA., Rolle, A., Stucki, N., Roll, F., Bauer, U. and Schneitz, K. (2024) “Topological analysis of 3D digital ovules identifies cellular patterns associated with ovule shape diversity”. Development 151:dev202590.

Eschrig, Sabine, Milena Schäffer, Lin-Jie Shu, Tina Illig, Sonja Eibel, Atiara Fernandez, und Stefanie Ranf. (2024). „LORE Receptor Homomerization Is Required for 3-Hydroxydecanoic Acid-Induced Immune Signaling and Determines the Natural Variation of Immunosensitivity within the Arabidopsis Genus“. The New Phytologist. doi:10.1111/nph.19715.

Graf A, Bassukas AEL, Xiao Y, Barbosa ICR, Mergner J, Grill P, Michalke B, Kuster B, Schwechheimer C. (2024). „D6PK Plasma Membrane Polarity Requires a Repeated CXX(X)P Motif and PDK1-Dependent Phosphorylation“. Nature Plants. 10(2):300-314. doi: 10.1038/s41477-023-01615-6.

2023

Glunk V, Laber S, Sinnott-Armstrong N, Sobreira DR, Strobel SM, Batista TM, Kubitz P, Moud BN, Ebert H, Huang Y, Brandl B, Garbo G, Honecker J, Stirling DR, Abdennur N, Calabuig-Navarro V, Skurk T, Ocvirk S, Stemmer K, Cimini BA, Carpenter AE, Dankel SN, Lindgren CM, Hauner H, Nobrega MA, Claussnitzer M. (2023). “A non-coding variant linked to metabolic obesity with normal weight affects actin remodelling in subcutaneous adipocytes”. Nat Metab. 5(5):861-879. doi: 10.1038/s42255-023-00807-w.

Chen, Xia u. a. (2023). „Arabidopsis MCTP family member QUIRKY regulates the formation of the STRUBBELIG receptor kinase complex“. Plant Physiology 193(4): 2538–54.

Engelhardt, Stefan u. a. (2023). „Barley RIC157, a Potential RACB Scaffold Protein, Is Involved in Susceptibility to Powdery Mildew“. Plant Molecular Biology 111(4): 329–44.

Ortner, Martin u. a. (2023). „Permissive Conformations of a Transmembrane Helix Allow Intramembrane Proteolysis by γ-Secretase“. Journal of Molecular Biology 435(18): 168218.

Wiese, Christian, Miriam Abele, Benjamin Al, Melina Altmann, Alexander Steiner, Nils Kalbfuß, Alexander Strohmayr, u. a. (2023). „Regulation of Adaptive Growth Decisions via Phosphorylation of the TRAPPII Complex in Arabidopsis“. : 2023.04.24.537966. doi:10.1101/2023.04.24.537966.

Winogrodzki, Thomas, Amira Metwaly, Alessandro Grodziecki, Wei Liang, Bernhard Klinger, Tatiana Flisikowska, Konrad Fischer, u. a. (2023). „TNFΔARE Pigs: A Translational Crohn’s Disease Model“. Journal of Crohn’s and Colitis 17(7): 1128–38. doi:10.1093/ecco-jcc/jjad034.

2022

Kalbfuß, Nils u. a. (2022). „A Role for Brassinosteroid Signalling in Decision-Making Processes in the Arabidopsis Seedling“. PLoS genetics 18(12): e1010541.

Yang, Saiqi u. a. (2022). „A Novel Chemical Inhibitor of Polar Auxin Transport Promotes Shoot Regeneration by Local Enhancement of HD-ZIP III Transcription“. New Phytologist 235(3): 1111–28.

Chaudhary A, Schneitz K. (2022) "Using Steady-State Fluorescence Anisotropy to Study Protein Clustering." Methods Mol Biol. doi: 10.1007/978-1-0716-2132-5_16

Cerrone, L., Vijayan, A., Schneitz, K. and Hamprecht, F.A. (2022) “CellTypeGraph: A new geometric computer vision benchmark.” Proceedings of the IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition.

Vijayan, A., Strauss, S., Tofanelli, R., Mody, T.A., Lee, K., Tsiantis, M., Smith, R.S. and Schneitz, K. (2022) "The annotation and analysis of complex 3D plant organs using 3DCoordX.” Plant Physiology doi: 10.1093/plphys/kiac145.

Abstract online

Strauss, S., Runions, A., Lane, B., Eschweiler, D., Bajpai, N., Trozzi, N., Routier-Kierzkowska, A. L., Yoshida, S., Rodrigues da Silveira, S., Vijayan, A., Tofanelli, R., Majda, M., Echevin, E., Le Gloanec, C., Bertrand-Rakusova, H., Adibi, M., Schneitz, K., Bassel, G. W., Kierzkowski, D., Stegmaier, J., … Smith, R. S. (2022) "Using positional information to provide context for biological image analysis with MorphoGraphX 2.0." eLife, 11, e72601. doi.org/10.7554/eLife.72601

2021

Chaudhary, A., Chen, X., Leśniewska, B., Boikine, R., Gao, J., Wolf, S. and Schneitz, K. (2021). “Cell wall damage attenuates root hair patterning and tissue morphogenesis mediated by the receptor kinase STRUBBELIG.” Development 148:dev199425.

Abstract online

Vijayan, A., Tofanelli, R., Strauss, S., Cerrone, L., Wolny, A., Strohmeier, J., Kreshuk, A., Hamprecht, F., Smith, S.R. and Schneitz, K. (2021). “A digital 3D reference atlas reveals cellular growth patterns shaping the Arabidopsis ovule.” eLife 10:e63262.

Abstract online

2020

Cabrera, B., Hirl, R.T., Zhu, J., Schäufele, R. and Schnyder, H. (2020). “Atmospheric CO₂ and VPD alter the diel oscillation of leaf elongation in perennial ryegrass: compensation of hydraulic limitation by stored-growth” New Phytol 227:1776-1789.

Abstract online

Chaudhary, A., Chen, X., Gao, J., Lesniewska, B., Hammerl, R., Dawid, C. and Schneitz, K (2020). The Arabidopsis receptor kinase STRUBBELIG regulates the response to cellulose deficiency. PLoS Genetics 16:e1008433.

Abstract online

Engelhardt, S., Kopischke, M., Hofer, J., Probst, K., McCollum, C. and Hückelhoven R. (2020). “Barley RIC157 is involved in RACB-mediated susceptibility to powdery mildew.” bioRxiv doi: 10.1101/848226.

Abstract online

Garcia, V.J., Xu, S-L., Ravikumar, R., Wang, W., Elliott, L., Fesenko, M., Altmann, M., Falter-Braun, P., Moore, I., Burlingame, A., Assaad, F.F., Wang, Z.Y. 2020. TRIPP is a plant-specific component of the Arabidopsis TRAPPII membrane trafficking complex with important roles in plant development. Plant Cell 32:2424.

Abstract online

Hoefle, C., McCollum, C., Hückelhoven, R. (2020). Barley ROP-Interactive Partner-a organizes into RAC1- and MICROTUBULE-ASSOCIATED ROP-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 1-dependent membrane domains. BMC Plant Biol 20:94.

Abstract online

McCollum, C., Engelhardt, S., Weiss, L., Hückelhoven, R. (2020). ROP INTERACTIVE PARTNER b interacts with RACB and supports fungal penetration into barley epidermal cells. Plant Phys 184:823-836.

Abstract online

Mergner, J., Frejno, M., List, M., Papacek, M., Chen, X., Chaudhary, A., Samaras, P., Richter, S., Shikata, H., Messerer, M., Lang, D., Altmann, S., Cyprys, P., Zolg, D. P., Mathieson, T., Bantscheff, M., Hazarika, R. R., Schmidt, T., Dawid, C., Dunkel, A., Hofmann, T., Sprunck, S., Falter-Braun, P., Johannes, F., Mayer, K. F. X., Jürgens, G., Wilhelm, M., Baumbach, J., Grill, E., Schneitz, K., Schwechheimer, C., and Küster, B. (2020). "Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome". Nature 579:409-414.

Abstract online

Poretska, O., Yang, S., Pitorre, D., Poppenberger, B., Sieberer, T. (2020). AMP1 and CYP78A5/7 act through a common pathway to govern cell fate maintenance in Arabidopsis thaliana. PLoS Genet 16: e1009043.

Abstract online

Weiss, L., Reiner, T., Mergner, J., Küster, B., Feher, A., Hensel, G., Gahrtz, M., Kumlehn, J., Engelhardt, S., Hückelhoven, R. (2020). Posttranslational modification of the RHO of plants protein RACB by phosphorylation and cross-kingdom conserved ubiquitination. bioRxiv 121228.

Abstract online

Wolny, A., Cerrone, L., Vijayan, A., Tofanelli, R., Vilches Barro, A., Louveaux, M., Wenzl, C., Strauss, S., Wilson-Sánchez, D., Lymbouridou, R., Steigleder, S., Pape, C., Bailoni, A., Duran-Nebreda, S., Bassel, G., Lohmann, J., Tsiantis, M., Hamprecht, F.A., Schneitz, K., Maizel, A. and Kreshuk, A. (2020). “Accurate and versatile 3D segmentation of plant tissues at cellular resolution.” eLife 9:e57613.

Abstract online

2019

Engelhardt, S., Kopischke, M., Hofer, J,. Probst, K., McCollum, C., Hückelhoven, R. (2019). Barley RIC157 is involved in RACB-mediated susceptibility to powdery mildew. bioRxiv 848226.

Abstract online

Tofanelli, R., Vijayan, A., Scholz, S. and Schneitz, K. (2019). Protocol for rapid clearing and staining of fixed Arabidopsis ovules for improved imaging by confocal laser scanning microscopy. Plant Methods, 15:120.

Abstract online

Kalde, M., Elliott, L., Ravikumar, R., Rybak, K., Altmann, M., Klaeger, S., Wiese, C., Abele, M., Al, B., Kalbfuß, N., Qi, X., Steiner, A., Meng, C., Zheng, H., Kuster, B., Falter-Braun, P., Ludwig, C., Moore, I., and Assaad, F.F. (2019). Interactions between Transport Protein Particle (TRAPP) complexes and Rab GTPases in Arabidopsis. Plant J 100:279-297.

Abstract online

Mucha, S., Heinzlmeir, S., Kriechbaumer, V., Strickland, B., Kirchhelle, C., Choudhary, M., Kowalski, N., Eichmann, R., Hückelhoven, R., Grill, E., Küster, B., and Glawischnig, E. (2019). The formation of a camalexin biosynthetic metabolon.Plant Cell 31:2697-2710.

Abstract online

Ruschhaupt, M., Mergner, J., Mucha, S., Papacek, M., Doch, I., Tischer, S., Hemmler, D., Chiasson, D., Edel, K.H., Kudla, J., Schmitt-Koplin, P., Kuster, B, and Grill, E (2019). Rebuilding core abscisic acid signaling pathways of Arabidopsis in yeast. EMBO J 38:e101859.

Abstract online

Gao, J., Chaudhary, A., Vaddepalli, P., Nagel, M-K., Isono, E. and Schneitz, K. (2019). Tissue morphogenesis mediated by the Arabidopsis receptor kinase STRUBBELIG involves a clathrin-dependent process.J Exp Bot 70:3881-3894.

Abstract online

Scholz, S., Pleßmann, J., Enugutti, B., Hüttl, R., Wassmer, K. and Schneitz, K. (2019). The AGC protein kinase UNICORN controls planar growth by attenuating PDK1 in Arabidopsis thaliana. PLoS Genetics 15:e1007927

Abstract online